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PNAS | 发现胃肠道间质瘤恶性进展的新机制,华大自主平台助力发文

日期:2019-11-01 11:12:28 来源: 华大科技BGITech 作者:赵青 点击:

胃肠道间质瘤恶性进展发现了新机制!该研究由中国科学院上海营养与健康研究所 - 长征医院联合转化医学中心王跃祥研究员带领研究团队庞裕智、谢飞飞等完成,研究成果于北京时间 2019 年 10 月 22 日在国际学术期刊《PNAS》在线发表。其中,全外显子测序和转录组都由华大完成(转录组测序由 BGISEQ 平台独立完成)。

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文章亮点

文章首次解析了胃肠道间质瘤恶性进展的新机制,鉴定出抑癌基因 DEPDC5 。

文章概述

DEPDC5 抑癌基因失活将导致胃肠道间质瘤恶性进展。研究团队在国际上首次解析了胃肠道间质瘤恶性进展的新机制,鉴定出位于 22 号染色体的主要抑癌基因,解析了 DEPDC5 抑癌基因的失活是间质瘤恶性进展的重要分子机制,提供了区分间质瘤恶性程度的分子标记物,为间质瘤的精准治疗提供了实验依据。

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图 1 DEPDC5 抑癌基因的失活促进胃肠道间质瘤恶性进展

(左)早期间质瘤中DEPDC5 抑癌基因功能正常,肿瘤细胞的增殖能力有限;(中)晚期间质瘤中 DEPDC5 基因突变,抑癌功能丧失,肿瘤细胞的增殖能力显著增强;(右)联合应用 mTOR 抑制剂和 KIT 激酶抑制剂(如格列卫等)显著抑制 DEPDC5 失活间质瘤的生长。

研究结果

研究团队对 40 例胃肠道间质瘤患者进行了全外显子组测序,目的是鉴定胃肠道间质瘤 22 号染色体的抑癌基因。研究揭示了 40 例 GIST 患者中有 7 例 (17.5%) 发生基因组纯合失活的 DEPDC5 突变,包括无义突变、移码突变和缺失 (图 2A 和 B)。多项数据表明,DEPDC5是胃肠道间质瘤中典型的抑癌基因。RNA 测序数据(图 3)和 DNA 甲基化研究表明,DNA 甲基化失调在胃肠道间质瘤中调节 DEPDC5 表达并不常见。

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图 2 全外显子组测序鉴定 40 例胃肠道间质瘤患者

(A)其中 7 例(17.5%)存在基因组 DEPDC5 畸变。失活的 DEPDC5 突变为基因内纯合缺失(蓝线表示缺失的外显子)和半合核苷酸改变。(B)来自相同患者的肿瘤和非肿瘤细胞 DNA 的部分 22 号染色体的整合基因组可视图,显示了 DEPDC5 突变的肿瘤限制性。

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图 3 转录组测序检测胃肠道间质瘤中 DEPDC5 表达(n=51)。虚线以上的样本被认为是表达阳性;虚线表示具有纯合缺失的阴性对照的平均 FPKM+3 s.d.。


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(责任编辑:xsq)

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